Od 2006 do 2024 r. Centrum Koordynacji Projektów Środowiskowych pełniło funkcję jednej z Instytucji Wdrażających dla Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko (POIiŚ), dysponując środkami z funduszy europejskich przeznaczonymi na ochronę przyrody w ustalonym zakresie. O dofinansowanie swoich projektów mogły ubiegać się podmioty publiczne i prywatne, składając wniosek w otwartym konkursie.

W perspektywie finansowej UE 2007-2013 CKPŚ odpowiadało za wdrażanie V osi priorytetowej POIiŚ.

W perspektywie finansowej UE 2014-2020 CKPŚ było odpowiedzialne za wdrażanie części działania 2.4 II osi priorytetowej POIiŚ.